Comentario
Aunque tuvo una estructura agropecuaria apreciable fue decayendo frente a la importancia del comercio. Esto, unido a los ataques piratas en su costa atlántica, hizo que fuera convirtiéndose en un territorio fronterizo del virreinato peruano, del que terminó dependiendo totalmente. Durante el siglo XVI, la costa atlántica fue la más importante. Portobelo, terminal de las flotas, llegó a tener 150 casas, una buena feria y excelentes fortificaciones. El hallazgo de oro en la región norte de Veraguas produjo un avance de la colonización, impulsada por el gobernador Juan Pérez de Sequeira, fundándose poblaciones como Nueva Lisboa y San Antonio de la Pradera. A comienzos del siglo XVII, los religiosos emprendieron la labor misional de la zona, fundando Atalaya, San Francisco y San Lorenzo. Incluso se pensó construir un canal interoceánico (1616-19) por la zona del golfo San Miguel y el río Tuira, pero el Consejo desestimó el proyecto por temor a que fuera utilizado por los piratas. La costa pacífica languidecía, por el contrario, a causa del agotamiento de la extracción de perlas. Sus únicos núcleos importantes eran la ciudad de Panamá y las poblaciones de la península de Azuero. La toma de Jamaica por los ingleses (1655) cambió la situación, pues la costa atlántica se vio continuamente asaltada por piratas y filibusteros, resurgiendo en cambio la economía del litoral pacífico, más protegido. Mansvelt desató una gran ofensiva en 1665. Su discípulo Morgan logró apoderarse y destruir Portobelo en 1668, y asaltó Panamá en 1671, después de cruzar el istmo. Allí capturó la plata del Perú, que iba a traspasarse a la flota española. Con ella cargó 195 mulas y abandonó la ciudad después de incendiarla.
La destrucción de Panamá fue aprovechada para trasladar de sitio la ciudad (1673), ya que se encontraba en un sitio muy insalubre. Los virreyes peruanos se alarmaron y duplicaron el situado destinado a esta gobernación. En 1684 alcanzó los 406.000 pesos, cuádruple del que se enviaba en 1662 (105.150 pesos). También se envió a aguas panameñas la Flota de la Mar del Sur. La piratería se extinguió al poco, perseguida por ingleses y franceses. El siglo terminó con el intento de William Patterson de establecer una colonia escocesa en el Darién (1698). Fundó efectivamente Nueva Caledonia, pero los españoles y las fiebres les obligaron a desalojar el lugar en 1700.